使用堆垛机的货架系统要按货架的列、层、行的所在货位分别编号，以便实现向指定货位自动地进出库，也便于利用电子计算机进行在库管理。实际上，最新的大型立体自动仓库大多采用电子计算机进行在库管理。然而，为了节省设备投资，在小型自动仓牢中，多数仍采用手动控制和半自动控制。

一、手动控制
手动控制是司机在堆垛机的司机台上一边查看货位号码，一边操作操纵手柄或按钮完成行走、升降、货叉进出。
二、半自动控制
司机在堆垛机的司机台上，按动所需货位号的按钮，堆垛机就自动完成行走、升降各种动作，并停止在指定的货位号处。货叉的进出动作由手动操纵杆或用按钮进行控制。返回动作大多是按动返回按钮即可自动返回原位。
三、全自动控制
这是属于无人操纵的形式，操纵盘装在起重机外，用按钮或穿孔卡等为指令。因此，只要按下启动电钮，就能遥控堆垛机自动进行进出库动作。近来也有采用磁心存贮器等存贮装置来存贮各货位号的库存量或品种，进行在库管理的方式。
四、计算机控制
设置与电子计算机直联的地面控制盘，把进出库指令输入电子计算机，进行集中控制。通过电子计算机发出的进出库指令存贮在地面控制盘上的前置盒式计算器中，计算器一边控制堆垛机把目标货物自动地进出库，一边进行进出库货位号、品种、次数等运算，实施在库管理。
在大型立体自动仓库中，往往采用这种管理方式。在现已建成的小型独立货架式仓库中，也有一些采用小型电子计算机进行在库管理的。

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